Non Believer podria referirse, como su nombre indica, al destino que corren aquellos que no son creyentes. Al decir creyentes, nos podriamos referir a una religion, una ideologia, una leyenda, un mito o lo que se asemeje.

La cancion parece dirigirse a alguien (una mujer) o a algo (la muerte como personaje ficticio) cuando en su letra encontramos "She belongs somewhere else" (Ella proviene de otro lugar); "She pull inside" (Ella arrastra hacia dentro).
Bajo esta perspectiva, la muerte seria algo asi como la transportadora de almas hacia el cielo o el paraiso pero como es sabido, aquellos que niegan o no creen en Dios (bajo la hipotesis que se trata de una religion) no entraran en el pues este es su reino sin reparo en el comportamiento que el fallecido ha tenido en su vida, es decir, sin importar si fue una buena persona.

Agregamos como fundamento a que la cancion va dirigida a la muerte cuando nos encontramos con la expresion "She belongs somewhere else where pain isn't hope" (Ella proviene de un lugar donde el dolor no espera).

Por otro lado, la canción podria ir dirigida al mismisimo Dios en su coro.
El cantante, ademas, revela ser ateo o no creyente y se pregunta por el destino que sufren al morir las personas con esta conviccion permitiendose por un instante, dudar sobre la existencia de Dios en caso de esta Ser, Existir.

La pregunta radica en
¿Por que un no creyente se preocupa por su alma si de antemano al no creer sabe que luego de la muerte no hay mas?
¿Por que preocuparse?
Sin embargo, lo hace. Se permite dudar porque acepta que podria estar equivocado.
¿Es que acaso, lo que no creen, a pesar de ser buenas personas, no tienen salvacion o descanso eterno?

Por otro lado, a esta persona que no cree le preocupa no ir al cielo porque al parecer tiene a alguien alla, alguien quien si cree en que el cielo, Dios y el paraiso existe, alguien a quien extraña y quiere. "And I promise to climb back up here to you" (Y prometo volver contigo aqui arriba)

Al referirse al mensaje que viene encamino y espera, podria tratarse del mensaje de aceptacion de entrada al cielo. "waiting for this message coming through" (Esperar por este mensaje que ya viene).